برای این امر لازم است آب خروجی از فیلتر قبل از ورود به استخر توسط مواد شیمیایی مناسب گندزدایی شود. معمولاً برای تصفیه آب استخرها از فیلترهای شنی، کارتریجی و یا دیاتومه (خاک سیلیس) استفاده می‌­شود. تفاوت هر کدام از این فیلترها در مواد استفاده شده برای تفکیک ذرات جامد از آب است. این فیلترها معمولاً می‌بایست هر فصل، یک یا دوبار تمیز شوند. این کار به سادگی با بیرون آوردن فیلتر از محفظه و شستشوی آن امکانپذیر است. برخی از این فیلترها ارزان قیمت بوده و با سرعت بیشتری تعویض می‌شوند. اما برخی دیگر نیز از کیفیت بالاتری برخوردار بوده و چندین سال طول عمر دارند و تنها در بازه‌های زمانی مشخص شده می‌بایست با آب شسته شوند.بعضی از این فیلترها نیز مجهز به سیستم شستشوی معکوس یا بکواش می­‌باشند که این مزیت موجب تسهیل کارکرد فیلترها می‌­شود. اما باید توجه داشت همیشه سیستم بکواش نمی­‌تواند پاسخگو باشد و در صورت بروز آلودگی شدید در طولانی مدت باید سیستم داخلی فیلتر را تعویض نمود.